Органами управления ОАНО КПГСПИК «Классическая православная гимназия святого праведного Иоанна Кронштадтского» являются:
Совет учредителей — высший орган управления
Директор — единоличный исполнительный орган
Руководство
Протоиерей Василий Мельничук
Директор
Протоиерей Василий Мельничук
Духовник
Толстикова Светлана Олеговна
Заместитель директора по учебно-воспитательной работе
Крючкова Галина Анатольевна
Заместитель директора по учебно-воспитательной
Шурупова Ирина Ивановна
Заместитель директора по учебно-воспитательной работе
Горенко Марианна Николаевна
Заместитель директора по учебно-воспитательной работе
Педагогический совет
Родительский совет